ルーズリーフ

公私におよぶ経験値獲得履歴的ななにか。

欲張りな女性こそPG／SEになると良いかも？[4]

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検証予定

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  2. 1人目の安定期～産休
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  4. 子ども1人を抱えて仕事[イマココ]
  5. 2人目の妊娠～産休
  6. 2人目の出産～育休明け仕事復帰
  7. 子ども2人を抱えて仕事
  8. キャリアアップと子育て

子ども1人を抱えて仕事

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ツン9デレ1なエンジニア妻からのお礼状

雑談

【その2】妻・夫を愛してるITエンジニア Advent Calendar 2016

www.adventar.org

22日目担当 @hrk0619 です。
TLで素敵なアドベントカレンダーを見かけたので、【その2】があったし参加してしまいました。
主人に対してはだいぶツン気味な性格なのでたまにしかデレてあげませんが、そんな日頃の振る舞いを反省するためにも、惚気とお礼をしたためます。
女子会で聞かれるままに主人とのあれこれを話すと、何を言っても惚気にしかならないので嫌がられるけど、ほっこりしたいクリスマスシーズンのお供にはなるかもしれません。

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Neo4jのデータをRで分析する

Neo4j R/RStudio 備忘録

Neo4j Advent Calendar 2016 12日目

qiita.com

今回は、先日別の記事*1で述べた「せっかくグラフデータなのにNeo4jでグラフ分析/ネットワーク分析はできないね」という問題をお手軽に解決する方法をまとめます。
サンプルとなるデータ（今回はエッジリストで1万行）をNeo4jから取得して、集計したり、簡単なネットワーク分析までです。

抽出：RNeo4j

CRAN - Package RNeo4j

RからNeo4jを利用するために、RNeo4jというパッケージを利用します。
1つ注意すべきポイントは、RNeo4jで問い合わせる場合、CypherクエリーのRETURN節にノードを指定することができません。
属性（プロパティ）まで指定して問い合わせる必要があります。

RコンソールまたはRStudioのコンソールでの実行例を示します。

> install.packages("RNeo4j")
> library(RNeo4j)
> graph = startGraph("http://localhost:7474/db/data/", username="Neo4jのユーザー名", password="Neo4jのパスワード")
> query = 'MATCH (ad:address)<-[:located]-(au:author)-[:produce]->(s:source)
 RETURN ad.full_address,ad.country,au.full_name,s.uid,s.title
 LIMIT 10000'
> head(cypher(graph, query))
                                               ad.full_address ad.country au.full_name
1 Univ Reading, Environm Syst Sci Ctr, Reading, Berks, England    England    Wadge, G.
2 Univ Reading, Environm Syst Sci Ctr, Reading, Berks, England    England    Wadge, G.
3 Univ Reading, Environm Syst Sci Ctr, Reading, Berks, England    England    Wadge, G.
4 Univ Reading, Environm Syst Sci Ctr, Reading, Berks, England    England    Wadge, G.
5 Univ Reading, Environm Syst Sci Ctr, Reading, Berks, England    England    Wadge, G.
6 Univ Reading, Environm Syst Sci Ctr, Reading, Berks, England    England    Wadge, G.
                s.uid s.title
1 WOS:000327299800043      NA
2 WOS:000307431800005      NA
3 WOS:000311842700001      NA
4 WOS:000306981600021      NA
5 WOS:000286851100013      NA
6 WOS:000296402400001      NA
> write.csv(cypher(graph, query), “sample.csv") # CSVに出力したいとき
> sample.org <- cypher(graph, query) # そのまま処理を進めるとき
> colnames(sample.org) <- c ("full_address"
 ,"country"
 ,"full_name"
 ,"uid"
 ,"title"
 ) # 名前の変更
> View(sample.org) # データを見たいとき

集計：data.table

今回は data.table にしましたが、data.table でも dplyr でもなんでも良いです。
さほど大きなデータではありませんが、処理が早いに越したことはないかと。

> install.packages("data.table")
> library(data.table)
data.table 1.9.6  For help type ?data.table or https://github.com/Rdatatable/data.table/wiki
The fastest way to learn (by data.table authors): https://www.datacamp.com/courses/data-analysis-the-data-table-way
> sample.dt <- data.table(sample.org)
> sample.countries <- sample.dt[, .N, by="country"] # 国ごとに集計してみたり
> head(sample.countries)
     country    N
1:   England 1672
2:    Taiwan  525
3:       USA 7148
4: Australia  655
> sample.countries <- sample.countries[order(-N)] # 並び替えてみたり
> head(sample.countries)
     country    N
1:       USA 7148
2:   England 1672
3: Australia  655
4:    Taiwan  525
> sample.authors <- sample.dt[, .N, by="full_name"] # 著者ごとに集計してみたり
> head(sample.authors)
          full_name   N
1:        Wadge, G.  38
2:        Costa, A. 708
3:   Costa, Antonio  48
4: Hodges, Kevin I.  60
5:   Mugford, R. I.   3
6:   Zahn, Matthias  14
> sample.authors <- sample.authors[order(-N)] # 並び替えてみたり
> head(sample.authors)
       full_name   N
1:     Jiang, Yi 715
2:     Costa, A. 708
3:     Singh, K. 681
4:     Mason, D. 422
5:   Chen, C. Y. 381
6: Kumar, Pankaj 373

分析：igraph

Rのネットワーク分析用パッケージである igraph を使おうとすると、こんな感じになります。
今回のサンプルデータだと正しく分析できるグラフ構造でないので、実行結果は割愛します。

> install.packages("igraph")
> library(igraph)
> sample.ig <- graph.data.frame(sample.org, directed=F)
> graph.density(sample.ig) # 密度
> transitivity(sample.ig) # 推移性

最後に

実はまだRすらも使い始めて間もないので、入門程度にこの辺りをまとめてみました。
ちなみにNeo4jのウェブインターフェイスからCSV出力すると、RETURNにノードを指定した場合、ノードの属性がJSON形式でごっそり出力されます。

ad,au,s
"{""zip"":""hoge"",""state"":""hoge"",""full_address"":""hoge"",""country"":""hoge"",""city"":""hoge""}","{""display_name"":""hoge"",""first_name"":""hoge"",""wos_standard"":""hoge"",""email_addr"":"""",""last_name"":""hoge"",""full_name"":""hoge""}","{""uid"":""hoge"",""title_abbrev_11"":""hoge"",""pageend"":""6"",""pagebegin"":""7"",""title_item"":""hoge"",""edition"":""hoge"",""sortdate"":""hoge"",""title_source"":""hoge"",""title_source_abbrev"":""hoge"",""wuid"":""WOS"",""title_abbrev_iso"":""hoge"",""title_abbrev_29"":""hoge"",""pubyear"":""hoge"",""pubtype"":""Journal""}"
.
.
.

これをRでread.csvして、パースして、使用することも可能です。めんどくさくてやっていません。
そんなにたくさんの属性を使わなかったので、RNeo4jで逐一指定して取得してきました。

こんな感じのNeo4j、みなさまも是非活用してノウハウを教えてくださいね。

*1:cerulean.hatenablog.com